计算机工程与科学

作者：王强, 孙彦洁, 齐星云, 徐佳庆

单位：国防科技大学计算机学院，湖南 长沙 410073

关键词：非一致性访存,Bowtie 2,适应性优化,体系结构,内存带宽,最后一级缓存,

基金：国家重点研发计划(2021YFB0300101)

Bowtie 2作为生物信息领域使用最广泛的二代测序软件之一，具有计算密集的特点。如何根据多核平台的体系结构进行适应性优化以提高并行效率，成为亟待解决的问题。首先分析了非一致性访存架构的多样性，以及Bowtie 2在多种非一致性访存架构下内存访问拥塞和最后一级缓存命中率低的结构性瓶颈。然后，基于Bowtie 2在不同非一致性访存平台的表现特点，在复制索引、内存分配以及数据划分3个方面进行优化，提出了Bowtie 2-NUMA。最后，通过实验表明，Bowtie 2-NUMA面向不同计算平台，能够基于体系结构进行适应性优化，实现并行效率的提升。

来源：2024年第12期

《计算机工程与科学》期刊编辑部

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